Omicron: Come è stata identificata questa nuova variante di SARS-CoV-2 e cosa ne sappiamo?

Dall'inizio della pandemia di Covid-19, il Rete di sorveglianza genomica del Sudafrica segue l'evoluzione del coronavirus SARS-CoV-2. A fine 2020, questo prezioso strumento, che permette di comprendere le modalità di propagazione del virus, aveva rilevato una nuova linea di SARS-CoV-2, 501Y.V2, che fu poi battezzato variante beta.

Oggi è stata individuata una nuova variante: B.1.1.529. Lo ha detto l'Organizzazione Mondiale della Sanità "Variante di preoccupazione", e gli diede il nome Omicron.

Per aiutarci a capire meglio la situazione, Ozayr Patel di The Conversation Africa ha chiesto agli scienziati di condividere ciò che sanno su questa variante.

Dov'è la ricerca scientifica?

"Rintracciare nuove varianti": per quanto entusiasmante possa sembrare questa attività, si basa principalmente sul sequenziamento dell'intero genoma del coronavirus, da campioni risultati positivi. Inseguire le nuove varianti richiede uno sforzo concertato. Il Sudafrica e il Regno Unito sono stati i primi paesi a stabilire un Sorveglianza genomica SARS-CoV-2 attraverso gli sforzi nazionale, da aprile 2020.

Il processo prevede il confronto di ogni sequenza ottenuta con quelle dei ceppi che sappiamo essere in circolazione in Sud Africa e nel mondo. Quando si riscontrano differenze multiple, suonano i campanelli d'allarme e si approfondisce la ricerca per confermare quanto rilevato inizialmente.

Fortunatamente, il Sudafrica è ben attrezzato per questa attività. Suo Servizio Laboratorio Sanitario Nazionale (NGS-SA) centralizza i risultati dei laboratori del settore pubblico, i collegamenti con i laboratori privati ​​sono buoni e ha un competenze di modellazione all'avanguardia, così come Centro dati sanitario provinciale della provincia del Capo occidentale, la cui missione principale è fornire ai medici e ai responsabili del monitoraggio dei pazienti i dati più rilevanti.

Inoltre, il Sudafrica dispone di diversi laboratori in grado di coltivare e studiare virus, il che consente di determinare fino a che punto gli anticorpi prodotti in risposta alla vaccinazione o a una precedente infezione sono in grado di neutralizzare il nuovo coronavirus. . Tutti questi dati ci permetteranno di caratterizzare meglio Omicron.

Rappresentazioni 3D di coronavirus alfa, beta, gamma e delta su sfondo bianco
Rappresentazioni 3D dei coronavirus Alfa, Beta, Gamma e Delta.
Shutterstock

All'epoca, la variante Beta si era diffusa in modo molto più efficiente rispetto al SARS-CoV-2 "selvaggio" o "ancestrale". Era stata la fonte della seconda ondata di pandemia in Sudafrica ed era stata quindi classificata anche come una variante di preoccupazione. Nel 2021, un'altra variante di preoccupazione si è diffusa anche in gran parte del mondo, incluso il Sudafrica, dove ha causato una terza ondata di pandemia : la variante Delta.

Molto recentemente, il sequenziamento di routine effettuato dai laboratori membri del Genomic Surveillance Network ha permesso di rilevare una nuova linea di coronavirus in Sud Africa, denominato B.1.1.529. Settantasette campioni raccolti a metà novembre 2021 a Gauteng, la provincia più urbanizzata del Sudafrica, contenevano il virus. Quest'ultimo era stato segnalato anche dai vicini Botswana e Hong Kong in un piccolo numero di campioni. A Hong Kong, questa variante sarebbe stata importata da un viaggiatore dal Sud Africa.

L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha dato la variante B.1.1.529 il nome diOmicron, e l'ha classificata come una variante preoccupante, come Beta e Delta prima di essa.

Perché in Sudafrica stanno emergendo varianti preoccupanti?

Non lo sappiamo con assoluta certezza, ma questo non è solo correlato al significativo sforzo di sorveglianza del coronavirus in corso nel paese.

Una teoria postula che le persone con un sistema immunitario gravemente indebolito che, poiché non possono sopprimerlo, sperimentano un'infezione prolungata con il coronavirus SARS-CoV-2, potrebbero essere la causa dell'emergere di nuove varianti.

Secondo questa ipotesi, il sistema immunitario di queste persone eserciterebbe un certo grado di "pressione immunitaria" che creerebbe condizioni favorevoli alla comparsa di varianti. In altre parole, la loro risposta immunitaria non sarebbe abbastanza forte da eliminare il coronavirus, ma eserciterebbe comunque su di esso un certo livello di pressione selettiva che lo "costringerebbe" ad evolversi.

Tuttavia, in Sudafrica, molte persone sono infettate dall'HIV e sono in uno stadio avanzato della malattia. Infatti, nonostante l'esistenza di un programma finalizzato alla distribuzione di cure antiretrovirali, molte persone sieropositive non dispongono di cure efficaci. Sono stati studiati diversi casi clinici che confermano questa ipotesi, ma c'è ancora molto da imparare.

Perché l'emergere di questa variante è preoccupante?

La risposta breve è che non sappiamo ancora se preoccuparci di questa emergenza. La risposta lunga è che B.1.1.529 porta effettivamente alcune mutazioni che sono preoccupanti. La sua unica proteina Spike ne ha più di 30, e il fatto è che le mutazioni coinvolte non sono mai state viste in una tale combinazione fino ad ora. Questo è ciò che cristallizza le preoccupazioni, perché la proteina Spike è utilizzata nella composizione della maggior parte dei vaccini (gli anticorpi di cui i vaccini attuali stimolano la produzione potrebbero rivelarsi meno efficaci contro la proteina Spike di B.1.1.529 - Omicron, se è troppo diversa da quella dei precedenti ceppi utilizzati per sviluppare detti vaccini, ndr).

Possiamo anche affermare che il profilo genetico di B.1.1.529 è molto diverso da quello di altre varianti circolanti, classificate come "di interesse" o "di preoccupazione" dall'OMS. Non sembra essere "figlia di Delta" o "nipote di Beta", ma piuttosto appartenere a una nuova linea di SARS-CoV-2.

Alcune delle sue modificazioni genetiche sono state identificate in altre varianti e sappiamo che possono influenzare la trasmissibilità o consentire l'evasione immunitaria, ma molte sono nuove e non sono state ancora studiate. Sebbene possiamo fare varie previsioni, stiamo ancora studiando fino a che punto queste mutazioni influenzeranno il suo comportamento.

Le caratteristiche più essenziali da determinare sono la trasmissibilità di questa variante, la sua propensione a causare forme gravi della malattia e la sua capacità di "sfuggire" alla risposta immunitaria di persone vaccinate o curate a seguito di infezioni naturali da parte di altre varianti. Studiamo questi punti in due modi. Innanzitutto vengono effettuati attenti studi epidemiologici, al fine di sapere se la nuova linea presenta effettivamente differenze rispetto alle precedenti in termini di trasmissibilità, capacità di infettare persone vaccinate o precedentemente contagiate, ecc.

Oltre a questo approccio epidemiologico, il lavoro svolto in laboratorio mira a determinare le proprietà di questa nuova variante. Le sue caratteristiche di crescita vengono confrontate con quelle di altre varianti e vengono effettuati test per scoprire come il virus può essere neutralizzato dagli anticorpi presenti nel sangue di individui vaccinati o guariti.

In definitiva, il vero significato dei cambiamenti genetici osservati in B.1.1.529 risulterà evidente quando si terrà conto dei risultati di tutti questi studi. Si tratta di un'impresa complessa, impegnativa e costosa che andrà avanti per mesi, ma che è fondamentale per comprendere meglio la variante Omicron e per sviluppare le strategie più efficaci per combatterla.

Questa variante causa sintomi diversi o malattie più gravi?

Non ci sono ancora prove di alcuna differenza clinica nella malattia causata da questa variante. Quello che è noto è che i casi di infezione da virus B.1.1.529 sono aumentati rapidamente nel Gauteng, dove la quarta ondata di pandemia del Paese sembra iniziare. Ciò suggerisce una trasmissibilità facilitata, che però riguarda un numero esiguo di casi e si verifica nell'ambito di interventi non farmaceutici (gesti barriera, ecc.) molto più flessibili di prima. Pertanto, non possiamo ancora affermare completamente che B.1.1.529 sia trasmesso in modo più efficiente rispetto alla variante precedentemente prevalente di preoccupazione Delta.

È più probabile che il Covid-19 causi forme gravi, spesso fatali, negli anziani e nei malati cronici. Ma in una popolazione, i gruppi che di solito sono inizialmente più esposti a un nuovo virus sono i giovani, che sono più mobili e generalmente in buona salute. Se B.1.1.529 si diffonde ulteriormente, ci vorrà del tempo per valutarne gli effetti in termini di gravità della malattia.

Fortunatamente, sembra che i test diagnostici che si sono dimostrati efficaci finora siano in grado di identificare anche questa nuova variante virale. Meglio ancora, sembra che alcuni test commerciali ampiamente utilizzati diano in presenza di B.1.1.529 un pattern specifico: due delle tre sequenze genomiche bersaglio sono positive, ma la terza no. È come se questa nuova variante spuntasse sistematicamente due caselle su tre. Questo modello può fungere da marker per B.1.1.529, il che significa che possiamo stimare rapidamente la percentuale di casi positivi dovuti all'infezione da Omicron, su base giornaliera e in ciascuna area geografica. Questo è molto utile per seguire la diffusione del virus quasi in tempo reale.

È probabile che i vaccini attuali proteggano contro la nuova variante?

Di nuovo, non lo sappiamo. Anche le persone che erano state vaccinate erano tra i casi noti di infezione. Ma abbiamo imparato dall'introduzione della vaccinazione che la protezione immunitaria che fornisce si indebolisce nel tempo e che i vaccini non proteggono tanto dalle infezioni quanto da forme gravi di malattia e morte. Una delle analisi epidemiologiche in corso mira a determinare quante persone vaccinate sono state infettate dalla variante B.1.1.529.

La possibilità che la variante Omicron possa sfuggire alla risposta immunitaria è preoccupante. Mais diversi studi hanno scoperto che i tassi di sieroprevalenza, che indicano quante persone sono già state infettate dal coronavirus SARS-CoV-2, sono alti. Si spera che ciò fornisca loro un certo grado di "immunità naturale" anche contro questa variante, almeno per qualche tempo.

In definitiva, ciò che sappiamo finora su Omicron sembra indicare che la nostra migliore risorsa nella lotta contro il Covid-19 e le forme gravi rimane quella di vaccinare il maggior numero possibile di persone. Parallelamente allo stabilimento interventi non farmaceutici, questo approccio aiuterà i sistemi sanitari a far fronte all'onda incombente.

Insegnante. Wolfgang Preiser, Capo: Divisione di Virologia Medica, Stellenbosch University; Cathrine Scheepers, scienziato medico senior, University of the Witwatersrand; Jinal bhiman, Principal Medical Scientist presso l'Istituto nazionale per le malattie trasmissibili (NICD), Istituto Nazionale per le Malattie Trasmissibili; Marietjie Venter, Responsabile: Zoonotic, Arbo and Respiratory Virus Program, Professore, Dipartimento di Virologia Medica, Università di Pretoria et Tulio de Oliveira, Direttore: KRISP – KwaZulu-Natal Research and Innovation Sequencing Platform, Università di KwaZulu-Natal

Questo articolo è ripubblicato da The Conversation sotto licenza Creative Commons. Leggi ilarticolo originale.

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