Covid-19: l'analisi del genoma rivelerebbe una doppia origine del virus

Nel giro di poche settimane abbiamo tutti imparato molte cose, ma anche sentito parecchie voci sulla malattia Covid-19 e sul virus responsabile: SARS-CoV-2. Mentre il numero di articoli scientifici su questo virus continua ad aumentare, ci sono ancora molte aree grigie sull'origine di questo virus.

Dche specie animale appariva? Un pipistrello, un pangolino o qualche altro animale selvatico? Da dove viene ? Da una grotta o da una foresta nella provincia cinese di Hubei o altrove?A dicembre 2019, 27 delle prime 41 persone ricoverate (66%) sono passate per un mercato situato nel cuore della città di Wuhan, nella provincia di Hubei. Ma l'origine dell'epidemia probabilmente non è legata a contatti con animali vivi o morti presenti in questo mercato, come sembra, secondo uno studio cinese condotto all'ospedale di Wuhan, che il primo caso umano identificato non ha visitato questo mercato.

In accordo con questa ipotesi, il datazione molecolare stimati dalle sequenze genomiche di SARS-CoV-2 indicano piuttosto un'origine a novembre. Abbiamo quindi il diritto di interrogarci sul legame tra questa epidemia di Covid-19 e la fauna selvatica.

Quello che sappiamo dai dati genomici su betacoronavirus

Il genoma SARS-CoV-2 è stato rapidamente sequenziato dai ricercatori cinesi. È una molecola diRNA di circa 30 basi contenenti 000 geni, tra cui il gene S che codifica per una proteina situata sulla superficie dell'involucro virale (per confronto, il nostro genoma è sotto forma di una doppia elica di DNA della dimensione di circa 15 miliardi di basi e contiene quasi 3 geni).

Analisi di genomica comparativa hanno dimostrato che SARS-CoV-2 appartiene al gruppo di betacoronavirus e che è molto vicino a SARS, responsabile di un'epidemia di polmonite acuta comparsa nel novembre 2002 nella provincia cinese del Guangdong e poi diffusasi in 29 paesi, in particolare in Francia nel 2003.

Sono stati registrati un totale di 8098 casi, inclusi 774 decessi. Sappiamo che i pipistrelli del genere Rinolofo (potenzialmente diverse specie di grotte) erano il serbatoio di questo virus e che un piccolo carnivoro, lo zibetto delle palme (Paguma larvata), avrebbe potuto servire comeospite intermedio tra pipistrelli e primi casi umani.

Da allora, molti betacoronavirus sono stati scoperti, principalmente nei pipistrelli, ma anche nell'uomo. Ecco come il virus RaTG13, isolato da un pipistrello della specie Rhinolophus affinis raccolti nella provincia cinese dello Yunan, è stato recentemente descritto come molto vicino a SARS-CoV-2, il le sequenze del loro genoma sono identiche al 96%. Questi risultati indicano che i pipistrelli, e in particolare le specie del genere Rinolofo, costituiscono il serbatoio dei virus SARS-CoV e SARS-CoV-2.

pipistrello, Rhinolophus affinis.
Alexandre Hassanin, Autore previsto

Ma come si definisce un serbatoio? Questa è una o più specie animali con poca o nessuna sensibilità al virus, che ospiterà naturalmente uno o più virus. L'assenza di sintomi della malattia si spiega con l'efficienza del loro sistema immunitario che permette loro di combattere l'eccessiva proliferazione virale.

Meccanismo di ricombinazione

Il 7 febbraio 2020 abbiamo appreso che nel pangolino era stato scoperto un virus ancora più vicino al SARS-CoV-2. Con il 99% di identità pubblicizzata, questo lo rendeva un serbatoio più probabile rispetto ai pipistrelli. Uno studio più recente, attualmente in fase di valutazione, suggerisce tuttavia una situazione molto più complessa. Infine, il genoma del coronavirus isolato dal pangolino malese (Manis javanica) non è complessivamente così vicino a SARS-Cov-2, con solo il 90% di identità. Non è quindi responsabile dell'attuale epidemia.

Detto questo, il virus isolato dal pangolino mostra un'identità del 99% con SARS-Cov-2 se confrontiamo i 74 amminoacidi di una particolare regione della proteina S, il dominio di legame del recettore ACE2 (Enzima di conversione dell'angiotensina 2) che consente al virus di entrare nelle cellule umane per infettarle. Nella stessa regione, il virus RaTG13 isolato dai pipistrelli R. affinis è molto divergente (77%).

Per dirla semplicemente, ciò significa che il coronavirus isolato dal pangolino è in grado di entrare nelle cellule umane mentre quello isolato dai pipistrelli R. affinis non è. Inoltre, questo suggerisce che il virus SARS-Cov-2 sia il risultato di una ricombinazione tra due virus diversi, uno vicino al RaTG13 e l'altro più vicino a quello del pangolino. In altre parole, è una chimera tra due virus preesistenti.

Questo meccanismo di ricombinazione aveva già stato descritto nei coronavirus, in particolare per spiegare l'origine di SARS-Cov. È importante sapere che la ricombinazione si traduce in un nuovo virus potenzialmente in grado di infettare una nuova specie ospite. Perché si verifichi la ricombinazione, i due virus divergenti devono aver infettato lo stesso organismo contemporaneamente.

Due domande rimangono senza risposta: in quale organismo è avvenuta questa ricombinazione? (un pipistrello, un pangolino o un'altra specie?) E soprattutto in quali condizioni è avvenuta questa ricombinazione?The Conversation

Alexandre Hassanin, Professore Associato (HDR) in Biologia Evoluzionistica presso l'Università della Sorbona, Museo Nazionale di Storia Naturale (MNHN)

Questo articolo è ripubblicato da The Conversation sotto licenza Creative Commons. Leggi ilarticolo originale.

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