Ripresa dell'epidemia di Covid: perché le varianti Omicron BA.4 e BA.5 stanno conquistando la Francia

Dimenticata dai media per diverse settimane, l'epidemia di Covid torna a fare notizia con le varianti BA.4 e BA.5 che si stabiliscono in Francia, con più di 100 casi positivi al giorno all'inizio di luglio. Specialisti in epidemiologia ed evoluzione delle malattie infettive all'interno dell'unità “Malattie infettive e vettori: ecologia, genetica, evoluzione e controllo” (Università di Montpellier, CNRS, IRD), Mircea Sofonea, docente, e Samuel Alizon, direttore della ricerca, decifrano il situazione in Francia. Cosa possiamo dire di queste varianti? Porteranno a una nuova ondata quest'estate?

La conversazione: la variante Omicron, che è diventata la maggioranza in tutto il mondo, continua a diffondersi ed evolversi. Ma i suoi nuovi avatar sono ora designati come BA.1, BA.2, poi BA.4 e BA.5... Come orientarsi?

Samuel Alizon: In effetti, c'è abbastanza per perdersi in questa abbondanza di nomenclature! Le lettere greche sono state introdotte dall'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) nel 2021 con la variante Alpha. Questa è probabilmente la classificazione peggiore, perché è stata sviluppata senza tener conto della biologia evolutiva. Quelli di Pango ou Nextclade sono molto più adatti. Inoltre, l'OMS sembra aver sospeso i suoi aggiornamenti e raggruppare sotto il termine generico di Omicron tutte le varianti di tipo BA.

Abbiamo modellato la circolazione delle linee varianti in Francia in a lavoro recente (vedi sopra) e la prima ondata di Omicron causata dal lignaggio BA.1 emerge alla fine del 2021. Questa è stata rapidamente soppiantata dal lignaggio BA.2, che ha causato una seconda ondata ospedaliera nell'aprile 2022. Ora questi sono i BA. 4 e BA.5 che hanno la precedenza.

Mircea T. Sofonea: Questi lignaggi sono stati identificati a maggio, ma sarebbero probabilmente emersi durante il mese di dicembre 2021 in Sud Africa, potenzialmente da BA.2, il lignaggio maggioritario in Francia da marzo 2022.

Mentre la variante BA.2 era diversa da BA.1 come la variante Delta era dalla variante Alpha, la divergenza evolutiva tra BA.4 e BA.5 è più limitata.

Tuttavia, anche se il numero di nuove mutazioni è limitato, alcune sono impegnative. Pertanto, è noto che la mutazione 452R della proteina Spike conferisce una maggiore affinità con il recettore ACE2 umano, utilizzato dal virus per entrare nelle nostre cellule. La mutazione 486V, ancora nella proteina Spike, conferisce al virus una capacità di evasione immunitaria abbastanza elevata.

Tuttavia, si dovrebbe stare attenti con il ragionamento per analogia applicato a mutazioni isolate. Infatti l'effetto di quest'ultimo non è né assoluto né cumulativo; dipende dall'intero genotipo, con potenziali fenomeni sinergici e antagonisti, anche per posizioni distanti sul genoma (si parla di epistasi).

 

TC: Queste mutazioni sono innovazioni di queste varianti, o BA.4 e BA.5 si "immergono" in tutte le possibilità che sono state testate dai loro predecessori: Delta, Gamma, Beta, Alpha?

MTS: Ricorda che Omicron non è il discendente delle varianti precedenti, ma un lontano cugino, e che i virus non mutano in modo volontario o diretto. Le mutazioni rilevate nel genoma di una nuova linea sono apparse per caso.

La mutazione 452R non era presente nelle linee BA.1 o BA.2, ma è stata trovata nella variante Delta. È anche una delle tre mutazioni ricercate nei test di screening attualmente effettuati su tutti i test PCR positivi in ​​Francia.

La mutazione 486V non è associata a nessuno dei lignaggi che circolano all'interno della nostra specie, ma cosiddette esperienze di scansione mutazionale profonda, che consistono nel generare proteine ​​con mutazioni, lo avevano identificato come potenzialmente coinvolto nella fuga verso l'immunità.

 

SUA : Per quanto riguarda le differenze tra le varianti, sono coinvolti due meccanismi genetici: mutazioni e ricombinazione. Quest'ultimo consente una miscelazione di intere porzioni del genoma quando due virus di diversi lignaggi "co-infettano" lo stesso ospite.

A livello biologico, coesistono diverse ipotesi per spiegare l'emergere di varianti: aumento della circolazione in una popolazione, coinvolgimento di un serbatoio animale o infezioni croniche in individui immunocompromessi. Questi ultimi infatti non riescono ad eliminare il virus, che quindi provoca infezioni più lunghe e letali. Una pre-pubblicazione (quindi da prendere con cautela, in quanto non ancora sottoposta a peer review) di un team di New York descrive così l'evoluzione intra-paziente di un virus BA.1 con l'accumulo di mutazioni chiave e, soprattutto , la sua trasmissione ad almeno altre cinque persone.

Nel caso di BA.4 o BA.5, poiché le loro differenze con BA.2 sono piuttosto limitate, potrebbero essere solo mutazioni fissate durante la circolazione del virus.

TC: Perché BA.4 e BA.5 ora si stanno diffondendo in Francia?

SUA : Si può facilmente stimare un vantaggio di crescita di una linea rispetto a un'altra in una popolazione. Secondo il nostro team, quello di BA.5 è di circa il 9% in Francia rispetto a BA.2.

D'altra parte, è complicato sapere da dove provenga questo vantaggio. BA.5 si diffonde di più perché è più contagioso? O perché sfugge meglio all'immunità? Una pre-pubblicazione da parte di un team giapponese e pubblicazione da parte di un team cinese evidenziare il ruolo della fuga immunitaria, in particolare attraverso la mutazione 486V.

Qualunque sia l'origine di questo vantaggio, può contribuire a un rimbalzo epidemico in Francia.

Un'altra novità: grazie al lavoro delle squadre @cerbaricerca, ne abbiamo abbastanza #sequenze #EMERGENZA per funzionare bene a un livello più fine rispetto alle proiezioni.

**Attenzione**, i test A0B9C1D1 sono più sequenziati e quindi sovrarappresentati, tranne il lunedì (date di punta).

14 / N pic.twitter.com/0H4KNKAols

- ETE Fr (@ete_fr) Giugno 8, 2022

MTS: Un secondo meccanismo è all'opera anche in Francia: l'immunità anti-SARS-CoV-2 – essenzialmente ibrida, cioè sia post-vaccinazione che post-infettiva – diminuisce nel tempo dall'ultimo evento immunogenico (se infezione o vaccinazione) .

Se la protezione conferita da un'infezione Omicron o da un 3^e la dose di vaccino rimane significativa dopo cinque mesi rispetto a una forma grave, è invece molto ridotta rispetto a qualsiasi infezione. La suscettibilità della popolazione al virus (vale a dire la controparte dell'immunità collettiva), si ricostituisce quindi nel tempo, aprendo in definitiva la possibilità di una ripresa epidemica.

In sintesi, BA.4 e BA.5 si propagano con l'invecchiamento della nostra immunità e lo fanno più velocemente di BA.2, perché hanno un doppio vantaggio di contagiosità e fuga immunitaria. BA.4 e BA.5 inducono quindi un'onda prima di quanto avrebbe fatto BA.2.

TC: La situazione in Portogallo avrebbe potuto destare preoccupazione. Ma possiamo imparare dalle tendenze osservate in altri paesi?

MTS: Ho delle riserve sui confronti interpaese: sono sempre più delicati, perché la circolazione attuale dipende, oltre che dalle misure sanitarie in atto, dalla storia epidemiologica e immunologica, che è sempre più differenziata a seconda del Paese.

A livello francese, è ancora difficile confrontare quantitativamente l'allentamento delle misure che contribuiscono alla ripresa, e il contesto estivo che la limita, con giornate più lunghe e calde che favoriscono le interazioni sociali in un ambiente aperto.

SUA : Il Portogallo è uno dei paesi europei dove l'onda BA.4/BA.5 è la più avanzata ed è accompagnata da un aumento dei ricoveri. È complicato sapere perché sia ​​iniziato lì così presto, ma, come con tutti gli inizi delle epidemie, il il ruolo degli eventi casuali del tipo "super-propagazione" probabilmente ha molto a che fare con questo.

A livello globale, in Sud Africa, l'onda BA.4/BA.5 sembra essere in calo. Negli Stati Uniti, d'altra parte, BA.2 è stato sostituito per la prima volta dal lignaggio BA.2.12, ma questo sembra essere stato sostituito da BA.5.

 

TC: Possiamo anticipare le conseguenze di queste sostituzioni tra le varianti sui futuri picchi epidemici?

SUA : Nel 2021, in Francia, una nuova variante ha sostituito le vecchie, perché più contagiosa. Da dicembre 2021, è piuttosto l'evasione immunitaria ad aprire la strada.

Questo rende complicata la modellazione degli scenari. I modelli di il nostro team, a partire da quelli diIstituto Pasteur o daIstituto Pierre Louis di Epidemiologia e Sanità Pubblica già tenuto conto della copertura vaccinale nella popolazione e della percentuale di persone che hanno avuto un'infezione naturale.

D'altra parte, includere il tempo trascorso dall'ultima vaccinazione o infezione naturale è una sfida, perché, dopo due anni di pandemia, due campagne vaccinali e un'enorme ondata di BA.1, ora ognuno ha un'immunità diversa!

MTS: Abbiamo sviluppato strumenti per tenere conto di questa eterogeneità dell'immunità nelle popolazioni. Dati i nostri vincoli, attualmente ci stiamo concentrando sul lungo termine, ma, in teoria, dovrebbe essere possibile utilizzare questo quadro per esplorare scenari prospettici a breve termine.

Per il momento, è difficile dire quale sarà l'esatta entità della nuova ondata epidemica che sta iniziando. Questa ondata, in senso genetico o virologico, è già molto avanzata e BA.5 diventerà probabilmente la maggioranza entro il 20 giugno. Se possiamo contare sull'estate per ridurre l'incidenza rispetto all'inverno, da sola non eviterà un'ondata di contaminazione. Ricordiamo che uno dei picchi di traffico in Francia rimane agosto 2020 e il 4^e wave (da Delta) ha raggiunto il picco nel luglio 2021.

Samuele alizon, Direttore di ricerca al CNRS, Institut de recherche pour le développement (IRD) et Mircea T. Sofonea, Docente di epidemiologia ed evoluzione delle malattie infettive, laboratorio MIVEGEC, Università di Montpellier

Questo articolo è ripubblicato da The Conversation sotto licenza Creative Commons. Leggi ilarticolo originale.

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